کاربرد مارکر ISSR
کاربرد مارکر ISSR
پتانسیل ادغام ISSR-PCR در برنامه‌های اصلاح نباتات فراوان است ، در ادامه حوزه‌های اصلی کاربرد ISSR-PCR در گیاهان مختلف مورد اشاره قرار خواهند گرفت.
کاربرد مارکر ISSR در انگشت نگاری ژنومی
انگشت نگاریDNA، ابزاری مهم برای خصوصیت یابی ژرم پلاسم و بنیان شناسایی ارقام/هیبریدها/ منابع والدی و غیره در اصلاح نباتات و مدیریت ژرم پلاسم می‌باشد. پرایمرهای ISSR دو نوکلئوتیدی متصل به انتهای ۵’ یا ۳’، در مطالعات انگشت نگاری با تکرارپذیری بالا برای مدیریت کلکسیون ژنومی کاکائو بکار گرفته شده‌اند.
ISSR ها، پلی مرفیسم کافی برای تمایز میان ارقام مختلف گل داوودی را نشان داده‌اند. همچنین، ISSR ها، امکان تمایز بین گیاهان حاصل از میکروسپور و گیاهان حاصل از کشت سوماتیک در کشت پرچم کتان، را در مراحل ابتدایی گیاهچه فراهم کرده‌اند.
تنوع ژنتیکی و آنالیز فیلوژنتیکی
ISSR ها بطور موفقیت آمیزی برای تخمین توسعه تنوع ژنتیکی در سطوح بین و درون گونه‌ای در گستره وسیعی از گونه‌های گیاهی، شامل برنج، گندم، ارزن انگشتی، سیب زمینی شیرین و بارهنگ، بکار گرفته شده‌اند. برتری ISSR-PCR بر دیگر تکنیک‌های مارکری در مطالعات مختلف مشخص شده است. برای مثال، مشخص شده که پرایمرهای SSR اتصالی، مفیدتر و تکرارپذیرتر از ایزوزایم‌ها، RFLPs و RAPDs در آنالیز تنوع ژرم پلاسم پرتقال سه برگی می‌باشند.
ISSR ها در آنالیز تنوع در جنسEleusine، از نظر کیفیت و کمیت داده‌های حاصله، نسبت به RFLP و RAPD، مفیدتر بوده‌اند. بطور معنی داری، راندمان تکنیک در توصیف خصوصیات حتی در سطح واریته‌های یک گونه نیز مستدل بود. برای مثال، سه پرایمر متصل به ۵’ توانستند ۲۰ رقم Brassica napus را از یکدیگر تمایز دهند.
ISSR، مارکر گزینش برای ارزیابی تنوع ژنتیکی در کاکائو، بازدانگان و حتی قارچ‌هاست. در مطالعه‌ای بر لوپین سفید، مشخص شد که در میان ۱۰ پرایمر مورد استفاده، دو پرایمر برای شناسایی تمامی ۳۷ مجموعه مورد مطالعه، کافی بودند. متشابها، ۴ پرایمر برای تمایز ۳۴ رقم سیب زمینی و سه پرایمر برای تمایز ۱۶ ژنوتیپ توت قرمز کافی بودند. استفاده از چنین پرایمرهای مفیدی، هزینه، زمان و کار آنالیز تنوع را کاهش می‌دهد.
تکنیک‌های مارکری مختلف در مطالعات فیلوژنتیک بر پایه شباهت نسبی بکار گرفته شده‌اند. علیرغم راندمان و تکرارپذیری بالاتر مارکرهایISSR، آنها هنوز بطور گسترده استفاده نمی‌شوند. اما کاربرد آنها در حل مشکلات مرتبط به فیلوژنی برنج اهلی آسیایی، گندم، ارزن انگشتی، Vigna و گونه‌های Diplotaxis مفید بوده است. چشم انداز وسیعی از کاربرد این تکنیک قوی برای تعیین روابط بین گونه‌ای در بسیاری از جنس‌ها و تمایز جنس‌های مختلف در درون یک خانواده وجود دارد. بطور قابل توجهی، مارکرهای ISSR اختصاصی ژنوم/گونه‌ها در چهار جنس Oryza ،Lolium ،Festuca و Diplotaxis گزارش شده‌اند که در شناسایی گونه‌ها مفید بوده‌اند.
نویسنده: ریحانه صادقی، دکتری اصلاح نباتات
