پایگاه داده بیوانفورماتیک NCBI

معرفی مرکز ملی اطلاعات زیست فناوری NCBI

مرکز ملی اطلاعات زیست فناوری که به اختصار NCBI ( National Center for Biotechnology Information )  نامیده می شود، بزرگترین و شناخته شده ترین پایگاه داده زیستی است. این پایگاه در ۴ نوامبر ۱۹۸۸ توسط سناتور کلود پپر از اعضای کنگره آمریکا تاسیس شد. دفتر مرکزی این پایگاه داده که وابسته به کتابخانه ملی پزشکی ایالات متحده آمریکا است، هم اکنون در مریلند آمریکا واقع شده است.

این مرکز بخشی از کتابخانه ملی پزشکی آمریکا است که شاخه ای از مؤسسه ملی بهداشت (NIH) است. NCBI یک منبع برجسته در زمینه بیوانفورماتیک و زیست شناسی مولکولی است. این پایگاه داده ها، ابزارها و منابع مختلف مربوط به ژنومیک، توالی نوکلئوتیدی، توالی پروتئین، ادبیات زیست پزشکی و موارد دیگر را در خود جای داده است. محققان، دانشجویان و دانشمندان اغلب از پایگاه های داده NCBI مانند GenBank، PubMed و BLAST برای دسترسی و تجزیه و تحلیل داده ها و اطلاعات زیست شناسی استفاده می کنند.

پایگاه بیوانفورماتیک NCBI چه کاربردی دارد؟

مهمترین شرح وظیفه این پایگاه داده ایجاد ساختار برای تحلیل و ذخیره‌سازی داده‌های تحقیقات ژنتیک، بیوشیمی، و زیست‌شناسی مولکولی است. طراحی این پایگاه کاملا شی گرا و ارتباطی است که حاوی اطلاعات طبقه بندی و سازمان دهی شده از ژنوم، پروتئین، آلکالوئید و سایر اطلاعات مهم زیستی منجمله اطلاعات ژنتیکی و پروتئینی گیاهان دارویی می باشد.

موتورهای جستجوی NCBI

مرکز ملی اطلاعات زیست فناوری NCBI از موتورهای های جستجو و پایگاه داده های ذیل تشکیل شده است:

آنتره (Entrez) : جستجوگر آزاد دیتابیس پزشکی و زیست فناوری

بلاست (BLAST) : این واژه مخفف عبارت Basic Local Alignment Search Tool می باشد. بلاست نرم افزار کاربردی ژنتیک و علوم سلولی و مولکولی است.

پاب مد (PubMed) : یک موتور جستجوی رایگان تحت وب است که گستره وسیعی از طلاعات علوم پزشکی و زیست شناسی دسترسی دارد.

ژن بانک (Gene Bank) : این پایگاه، مهمترین دیتابیس نوکلئوتید جهان است. اطلاعات مربوط به DNA، RNA و ترجمه پروتئینی آنها محتوای اصلی این پایگاه را تشکیل می دهند.

مزایای استفاده از پایگاه داده NCBI

مخزن وسیع داده‌های بیولوژیکی (زیستی): پایگاه‌های اطلاعاتی NCBI حاوی حجم وسیعی از داده‌های بیولوژیکی از جمله توالی‌های DNA و پروتئین، اطلاعات ژنومی است. این انبوه داده به محققان اجازه می دهد تا به اطلاعات ژن ها، ژنوم ها، پروتئین ها و عملکرد آنها در موجودات مختلف دسترسی داشته باشند.

دسترسی آزاد: دسترسی به حجم بسیاری از منابع NCBI برای عموم آزاد و رایگان است. این خط مشی دسترسی آزاد باعث ترویج شفافیت، همکاری و نوآوری در جوامع علمی می شود.

ابزارهایی برای تجزیه و تحلیل و تفسیر داده ها

 NCBI مجموعه ای از ابزارها و نرم افزارها را برای تجزیه و تحلیل و تفسیر داده های بیولوژیکی ارائه می دهد.  BLAST (ابزار اصلی جستجوی هم ترازی محلی) برای جستجوهای تشابه توالی، Primer-BLAST برای طراحی پرایمرهای PCR و ابزارهای تراز چندگانه برای مقایسه توالی ها از مهمترین امکاناتی است که در این پایگاه داده قابل استفاده است.

توالی های مرجع (Reference Sequences)

NCBI توالی های مرجع را برای ژنوم های مختلف از جمله ژنوم انسان (RefSeq) حفظ می کند. این توالی‌های مرجع به‌عنوان استانداردهای باکیفیت برای آنالیزهای ژنومی و رونویسی عمل می‌کنند و تحقیقات در زمینه ژنتیک و ژنومیک را تسهیل می‌کنند.

PubMed: پایگاه NCBI میزبان PubMed، یک پایگاه داده جامع از اطلاعات زیست پزشکی است. PubMed به محققان اجازه می دهد تا میلیون ها مقاله علمی، چکیده و استناد از مجلات معتبر را جستجو کرده و به آنها دسترسی داشته باشند. پایگاه PubMed اطلاعات ارزشمندی را برای بررسی متون، تحقیق و تمرین مبتنی بر شواهد ارائه می دهد.

پایگاه‌ های داده‌های تنوع ژنتیکی (Genetic Variation Databases)

NCBI پایگاه‌هایی مانند dbSNP (پایگاه‌های اطلاعاتی چند شکلی تک نوکلئوتیدی) و ClinVar را نیز میزبانی می کند. این پایگاه های داده حاوی اطلاعاتی در مورد تغییرات ژنتیکی و ارتباط آنها با بیماری‌ها و فنوتیپ‌ها است. این منابع برای مطالعه تنوع ژنتیکی، ژنتیک بیماری ها و پزشکی شخصی ضروری هستند.

ارسال و به اشتراک گذاری داده ها: NCBI بستری را برای محققان فراهم می کند تا داده های بیولوژیکی خود مانند توالی های DNA، داده های بیان ژن و داده های تنوع ژنتیکی را به اشتراک بگذارند. این اشتراک گذاری داده ها از طریق NCBI محققان را قادر می سازد تا به جدیدترین نتایج علمی دسترسی داشته باشند.

منابع آموزشی: NCBI منابع آموزشی و آموزش هایی را برای کمک به کاربران در استفاده موثر از پایگاه های داده و ابزارهای خود ارائه می دهد. این منابع به دانشمندان، پزشکان، مربیان و دانش‌آموزان کمک کرده و راهنمایی‌هایی در مورد تجزیه و تحلیل داده‌ها، روش‌های بیوانفورماتیک و مفاهیم بیولوژیکی ارائه می‌دهد.

برای دسترسی به این پایگاه داده از آدرس زیر استفاده کنید:

National Center for Biotechnology Information ) NCBI)

نویسنده: محمد خیاط تهرانچی، کارشناس ارشد بیوتکنولوژی