مطالعات ISSR
مطالعات ISSR
مطالعات ISSR در مورد انشعاب جمعیت‌های طبیعی
ثابت شده که مارکرهای بسیار متنوع ISSR هسته‌ای در آزمون فرضیه‌های انشعاب، اینتروگروسیون و سیستماتیک، مفید هستند. منشا هیبرید Penstemon clevelandi با استفاده از تنها ۸ مارکر ISSRبروشنی نمایان شد. مشخص شد که جمعیت P. clevelandi یک پروفایل افزایشی از باندهای DNA دو گونه اجدادی پیشنهادی یعنی P.centranthifolius و P. spectabilis دارد. در طرف دیگر، جمعیت P. spectabilis فاقد پروفایل افزایشی باندهای والدین پیشنهادی بود. بنابراین P. spectabilis بعنوان منشا هیبرید P. clevelandi رد شد و در عوض، منشا آن به اینتروگروسیون ژنها و نه ژنوم یک گونه نزدیک، منتسب شد.
تکنیک ISSR
سودمندی تکنیک ISSR در طیف وسیعی از امور در اکولوژی مولکولی در خانواده‌های گیاهی،Asteraceae Violaceae ،Brassicaceae ،Hippocastanaceae ،Orchidaceae ،Poaceae Scrophulariaceae و نشان داده شده است. تنوع بین و درون جمعیت‌ها می‌تواند با استفاده از مارکرهای چند لوکوسی پراکنده مانند ISSR مقایسه شود. با استفاده از مارکرهای ISSR نشان داده شده که میزان تنوع میان جمعیت‌های O. granulata مناطق مختلف (۴۹ درصد) ، بیش از میزان تنوع میان جمعیت‌ها (۳۸ درصد) و یا درون یک جمعیت (۱۲ درصد) حاضر در یک منطقه مشخص بوده است.
چشم اندازهای مطالعات ISSR
در ادامه مطالعات ISSR همچنانکه ممکن است نیاز به حفظ مالکیت ژرم پلاسم ممکن است در آینده افزایش یابد، ISSRs نقش مهمی در حفظ حقوق واریته گیاهی، بدلیل بازده منحصر به فرد آن در تمایز گذاشتن حتی میان ژرم پلاسم‌های نزدیک، دارد.
تا امروز، پلی مرفیسم بیشتری با استفاده از ISSRs نسبت به سایر پروسه‌های ارزیابی شناسایی شده است. در بسیاری از مطالعات تعیین وسعت پلی مرفیسم یا مقایسه سیستم‌های مارکری تنها یک خانواده از ISSRs، برای مثال پرایمرهای مبتنی بر تکرار توالی‌های سه یا چهار نوکلئوتیدی، مورد استفاده قرار گرفته‌اند.
چنین تکرارهایی در مقایسه با پرایمرهای مبتنی بر دو نوکلئوتید اندک بوده و استفاده از آنها ممکن است به طبقه بندی دقیق کمکی نکند. همچنانکه اطلاعات بیشتر در مورد وقوع و توزیع موتیف های SSRدر دسترس قرار می‌گیرد، استفاده از پرایمرهایی که پوشش دقیق‌تر کل ژنوم را ارائه می‌دهند، میسر می‌شود.
ترکیبات نامحدود
همچنین، ترکیبات متفاوت موتیف، نوکلئوتیدهای متصله به انتهای و طول پرایمرها می‌توانند مورد استفاده قرار بگیرند. استراتژی‌ها برای تشخیص پلی مرفیسم اضافی می‌تواند شامل استفاده از ISSRs در ترکیب با پرایمرهای رپید یا AFLP در همان واکنش یا هضم برشی محصولات ISSR باشد. بنابراین، ترکیبات نامحدود موتیف و طول هر دو پرایمر و استفاده از آنزیم‌های برشی مختلف میسر است.
انتخاب خوب پرایمرها، می‌تواند انگشت نگاری دقیق و بنابراین تخمین سریع تنوع ژنتیکی بویژه در مجموعه‌های بزرگ برای شناسایی مجموعه‌های مرکزی و الگوی توزیع جغرافیایی را میسر سازد.
این تکنیک محدودیت‌هایی نیز دارد، برای مثال همچون رپید، ممکن است قطعات با تحرک پذیری مشابه از مناطق غیرهمولوگ منشا بگیرند که این امر می‌تواند موجب انحراف در تخمین شباهت‌های ژنتیکی شود. طبیعت مولکولی پلی مرفیسم تنها در صورتی شناخته می‌شود که قطعات استخراج شده از ژل توالی یابی شوند.
مارکرهای ISSR مرتبط به صفات زراعی مهم، توالی یابی شده و بعنوان مارکرهای STS در گزینش به کمک مارکر (MAS) استفاده می‌شوند. بنابراین یک احتمال جالب، استفاده از ISSRs بعنوان پروب برای هیبریداسیون موضعی(in-situ)، بمنظور نقشه یابی فیزیکی مکان‌های همولوگ کروموزومی، است.
دیگر امتیاز استفاده از مارکرهای ISSR، لینکاژ آنها با لوکوس های SSR است. اگرچه ریز ماهواره‌ها خودشان احتمالاً غیرعملکردی و از نظر انتخاب خنثی هستند، اما به سبب پیوستگی با مکان‌های رمز کننده مشهور هستند، بنابراین ISSRs ممکن است مناطق غنی از ژن را علامت گذاری کنند.
