مطالعات ISSR
مطالعات ISSR در مورد انشعاب جمعیت های طبیعی
ثابت شده که مارکرهای بسیار متنوع ISSR هسته ای در آزمون فرضیه های انشعاب، اینتروگروسیون و سیستماتیک، مفید هستند. منشا هیبرید Penstemon clevelandi با استفاده از تنها ۸ مارکر ISSRبروشنی نمایان شد. جمعیت P. clevelandi یک پروفایل افزایشی از باندهای DNA دو گونه اجدادی پیشنهادی یعنی P.centranthifolius و P. spectabilis دارد. در طرف دیگر، جمعیت P. spectabilis فاقد پروفایل افزایشی باندهای والدین پیشنهادی بود. بنابراین P. spectabilis بعنوان منشا هیبرید P. clevelandi رد شد و در عوض، منشا آن به اینتروگروسیون ژنها و نه ژنوم یک گونه نزدیک، منتسب شد.
تکنیک ISSR
سودمندی تکنیک ISSR در طیف وسیعی از امور در اکولوژی مولکولی در خانواده های گیاهی،Asteraceae Violaceae ،Brassicaceae ،Hippocastanaceae ،Orchidaceae ،Poaceae Scrophulariaceae نشان داده شده است. تنوع بین و درون جمعیت ها میتواند با استفاده از مارکرهای چند لوکوسی پراکنده مانند ISSR مقایسه شود. با استفاده از مارکرهای ISSR ثابت شده که میزان تنوع میان جمعیتهای O. granulata مناطق مختلف (۴۹ درصد)، بیش از میزان تنوع میان جمعیت ها (۳۸ درصد) و یا درون یک جمعیت (۱۲ درصد) حاضر در یک منطقه مشخص بوده است.
چشم اندازهای مطالعات ISSR
در ادامه مطالعات ISSR و مارکرهای ISSR همچنانکه ممکن است نیاز به حفظ مالکیت ژرم پلاسم ممکن است در آینده افزایش یابد. ISSRs نقش مهمی در حفظ حقوق واریته گیاهی، بدلیل بازده منحصر به فرد آن در تمایز گذاشتن حتی میان ژرم پلاسم های نزدیک، دارد.
تا امروز، پلی مرفیسم بیشتری با استفاده از ISSRs نسبت به سایر پروسه های ارزیابی شناسایی شده است. در بسیاری از مطالعات تعیین وسعت پلی مرفیسم یا مقایسه سیستم های مارکری تنها یک خانواده از ISSRs، برای مثال پرایمرهای مبتنی بر تکرار توالیهای سه یا چهار نوکلئوتیدی، مورد استفاده قرار گرفته اند. چنین تکرارهایی در مقایسه با پرایمرهای مبتنی بر دو نوکلئوتید اندک بوده و استفاده از آنها ممکن است به طبقه بندی دقیق کمکی نکند. همچنانکه اطلاعات بیشتر در مورد وقوع و توزیع موتیف های SSR در دسترس قرار می گیرد، استفاده از پرایمرهایی که پوشش دقیق تر کل ژنوم را ارائه می دهند، میسر می شود.
ترکیبات نامحدود
همچنین، ترکیبات متفاوت موتیف، نوکلئوتیدهای متصله به انتهای و طول پرایمرها می توانند مورد استفاده قرار بگیرند. استراتژی ها برای تشخیص پلی مرفیسم اضافی می تواند شامل استفاده از ISSRs در ترکیب با پرایمرهای رپید یا AFLP در همان واکنش یا هضم برشی محصولات ISSR باشد. بنابراین، ترکیبات نامحدود موتیف و طول هر دو پرایمر و استفاده از آنزیمهای برشی مختلف میسر است.
انتخاب صحیح پرایمرها، می تواند انگشت نگاری دقیق و بنابراین تخمین سریع تنوع ژنتیکی بویژه در مجموعه های بزرگ برای شناسایی مجموعه های مرکزی و الگوی توزیع جغرافیایی را میسر سازد.
محدودیت ها
این تکنیک محدودیت هایی نیز دارد. برای مثال همچون رپید، ممکن است قطعات با تحرک پذیری مشابه از مناطق غیرهمولوگ منشا بگیرند. این امر میتواند موجب انحراف در تخمین شباهت های ژنتیکی شود. طبیعت مولکولی پلی مرفیسم تنها در صورتی شناخته می شود که قطعات استخراج شده از ژل توالی یابی شوند.
مارکرهای ISSR مرتبط به صفات زراعی مهم، توالی یابی شده و بعنوان مارکرهای STS در گزینش به کمک مارکر (MAS) استفاده می شوند. بنابراین یک احتمال جالب، استفاده از ISSRs بعنوان پروب برای هیبریداسیون موضعی(in-situ)، به منظور نقشه یابی فیزیکی مکان های همولوگ کروموزومی، است.
دیگر امتیاز استفاده از مارکرهای ISSR، لینکاژ آنها با لوکوس های SSR است. اگرچه ریز ماهواره ها خودشان احتمالاً غیرعملکردی و از نظر انتخاب خنثی هستند، اما به سبب پیوستگی با مکانهای رمز کننده مشهور هستند، بنابراین ISSRs ممکن است مناطق غنی از ژن را علامت گذاری کنند.
