کاربرد مارکر ISSR
پتانسیل ادغام ISSR-PCR در برنامه های اصلاح نباتات فراوان است. در ادامه حوزه های اصلی کاربرد ISSR-PCR در گیاهان مختلف مورد بررسی قرار خواهند گرفت.
کاربرد مارکر ISSR در انگشت نگاری ژنومی
انگشت نگاری DNA، ابزاری مهم برای خصوصیت یابی ژرم پلاسم و بنیان شناسایی ارقام/ هیبریدها/ منابع والدی و غیره در اصلاح نباتات و مدیریت ژرم پلاسم میباشد. پرایمرهای ISSR دو نوکلئوتیدی متصل به انتهای ۵’ یا ۳’، در مطالعات انگشت نگاری با تکرارپذیری بالا برای مدیریت کلکسیون ژنومی کاکائو بکار گرفته شدهاند.
مطالعات ISSR ها، پلی مرفیسم کافی برای تمایز میان ارقام مختلف گل داوودی را نشان داده اند. همچنین، ISSR ها، امکان تمایز بین گیاهان حاصل از میکروسپور و گیاهان حاصل از کشت سوماتیک در کشت پرچم کتان، را در مراحل ابتدایی گیاهچه فراهم کرده اند.
پیشنهاد مطالعه : نقش مارکر ISSA در ژنتیک
تنوع ژنتیکی و آنالیز فیلوژنتیکی
ISSR ها بطور موفقیت آمیزی برای تخمین توسعه تنوع ژنتیکی در سطوح بین و درون گونه ای در گستره وسیعی از گونه های گیاهی، شامل برنج، گندم، ارزن انگشتی، سیب زمینی شیرین و بارهنگ، بکار گرفته شده اند. برتری ISSR-PCR بر دیگر تکنیک های مارکری در مطالعات مختلف مشخص شده است. برای مثال، مشخص شده که پرایمرهای SSR اتصالی، مفیدتر و تکرارپذیرتر از ایزوزایمها، RFLPs و RAPDs در آنالیز تنوع ژرم پلاسم پرتقال سه برگی میباشند.
ISSR ها در آنالیز تنوع در جنس Eleusine، از نظر کیفیت و کمیت داده های حاصله، نسبت به RFLP و RAPD، مفیدتر بوده اند. بطور معنی داری، راندمان تکنیک در توصیف خصوصیات حتی در سطح واریته های یک گونه نیز مستدل بود. برای مثال، سه پرایمر متصل به ۵’ توانستند ۲۰ رقم Brassica napus را از یکدیگر تمایز دهند.
ISSR، مارکر گزینش برای ارزیابی تنوع ژنتیکی در کاکائو، بازدانگان و حتی قارچ ها است. در مطالعه ای بر لوپین سفید، مشخص شد که در میان ۱۰ پرایمر مورد استفاده، دو پرایمر برای شناسایی تمامی ۳۷ مجموعه مورد مطالعه، کافی بودند. متشابها، ۴ پرایمر برای تمایز ۳۴ رقم سیب زمینی و سه پرایمر برای تمایز ۱۶ ژنوتیپ توت قرمز کافی بودند. استفاده از چنین پرایمرهای مفیدی، هزینه، زمان و کار آنالیز تنوع را کاهش می دهد.
تکنیک های مارکری مختلف در مطالعات فیلوژنتیک بر پایه شباهت نسبی بکار گرفته شده اند. علیرغم راندمان و تکرارپذیری بالاتر مارکرهای ISSR، آنها هنوز بطور گسترده استفاده نمی شوند. اما کاربرد آنها در حل مشکلات مرتبط به فیلوژنی برنج اهلی آسیایی، گندم، ارزن انگشتی، Vigna و گونههای Diplotaxis مفید بوده است. چشم انداز وسیعی از کاربرد این تکنیک قوی برای تعیین روابط بین گونه ای در بسیاری از جنسها و تمایز جنسهای مختلف در درون یک خانواده وجود دارد. بطور قابل توجهی، مارکرهای ISSR اختصاصی ژنوم/ گونه ها در چهار جنس Oryza ،Lolium ،Festuca و Diplotaxis گزارش شده اند که در شناسایی گونه ها مفید بوده اند.
نویسنده: ریحانه صادقی، دکتری اصلاح نباتات
