پرایمر دایمر (‏primer dimer‏) چیست؟ ‏

پرایمر دایمر (‏primer dimer‏) چیست؟ ‏

پرایمر دایمر(‏primer dimer‏) یا دیمرهای آغازگر، مولکول هایی هستند که به واسطه رشته های بازهای مکمل در آغازگر به یکدیگر متصل شده اند. در واقع پرایمر دایمرها، مولکول های آغازگری هستند که به عنوان محصول جانبی بالقوه در واکنش زنجیره ای پلی مراز (PCR) تولید می شوند.

پرایمر دایمر(‏primer dimer‏)در طی چند مرحله تشکیل می شود:

در مرحله اول دو آغازگر از انتهای ۳’ خودشان متصل می­شوند در واقع اگر این سازه به اندازه کافی پایدار باشد آن گاه DNA  پلی­مراز طبق توالی­های تکمیلی به آغازگرها متصل می­شود و آن ها را تکثیر می­دهد. در واقع عامل مهمی که به پایداری سازه در مرحله­ای اول کمک می­کند، محتوای بالای GC از انتهای ۳’ و طول همپوشانی آن­ها می­باشد.

و در انتها این فرآیند در چرخه بعدی اتفاق می­افتد، هنگامی که یک رشته از محصول مرحله­ی قبل به عنوان الگو مورد استفاده قرار میگرد، که این الگو سبب می­شود که آغازگرها از آن استفاده کرده و سبب تولید پرایمر دایمرPD می­شود و در واقع به این محصول ناخواسته پرایمر دایمر گفته می­شود.

در صورتی که انتهای ۳’ پرایمرهایی که در سنتز cDNA به کار می­روند و یا پرایمرهایی که در ریل تایم به کار می روند دارای بازهای مکمل بوده و این پرایمرها به یکدیگر متصل شوند، پرایمرها سبب ایجاد یک محصول جدید ناخواسته در واکنش ریل تایم می­گردند که در ریل تایم تکثیر و سبب نتیجه کاذب می شود پرایمر دایمر می تواند بین یک پرایمر هم ایجاد شود و حتما نیاز نیست دو نوع پرایمر مختلف با یک دیگر جفت شوند.

نحوه شناسایی پرایمر دایمر:

دایمر­های اولیه ممکن است در طول ­PCR  پس از الکتروفورز ژل حاصل از محصول PCR مشاهده شوند. PD پرایمر دایمر در ژل­های آغشته به اتیدیوم بروماید به طور معمول در محدوده ۳۰-۵۰ (bp) دیده شوند و این دایمر­ها می­تواند به عنوان اسمیر­های متوسط تا زیاد دیده شوند. دایمرهای آغازگر (PD) از باندهای هدف که معمولا بیشتر از ۵۰(bp) است قابل تشخیص می ­باشند.

جلوگیری از تشکیل پرایمر دایمر:

یکی از روش­های جلوگیری از تشکیل دایمر­ها میتواند بهینه سازی فیزیکی، شیمایی، سیستم PCR باشد این بدین  معناست که در فرآیند آماده سازی مواد واکنش PCR تغییر غلظت آغازگرها، کلرید منیزیم،dNTPT و دمای واکنش می­ توانند سبب ایجاد پرایمر دایمر شود و این دایمرها با شکل گیری خود می ­توانند منجر به کاهش راندمان PCR شوند.

حذف پرایمر دایمر با دستکاری دمای Annealing آسانتر است گر چه ممکن است شانس آلودگی را بیشتر کرده اما دارای مزیت های بیشتری می باشد.