نشانگر SCoT

نشانگر SCoT

نشانگر SCoT یا Start Codon Targeted مبتنی بر نواحی هدف کدون شروع توسط Mackill and Collard (2009) ابداع شده و تکرارپذیری آن در مجموعه های از ژنوتیپ های برنج به اثبات رسیده است. این سیستم بر اساس نواحی کوتاه حفاظت شده اطراف رمز آغاز ATG در ژن های گیاهی طراحی شده  و یک روش ساده و جدید نشانگر DNA برای تولید مارکرهای هدفمند ژن در گیاهان است.

.

ویژگی ها

در این سیستم نشانگری از یک آغازگر ۱۹ نوکلئوتیدی استفاده می شود و آشکار سازی چند شکلی توالی بین رمزهای آغاز (ATG) در ژن های گیاهی را ممکن می کند. نشانگرهای اسکات از چند شکلی و تکرار پذیری بالایی برخوردار هستند به طوری که در طراحی آغازگرهای این مارکر به اطلاعات مربوط به توالی نوکلئوتیدی ژنوم نیاز نیست.

طراحی نشانگر مولکولی SCoT

روش طراحی ایم نشانگر مولکولی مبتنی بر محل شروع ترجمه ITS می باشد. این روش طراحی نشانگر اولین بار روی گونه های مدل برنج (sativa Oryza ) بررسی شده است. از آنجایی که سیستم نشانگری SCoT غالب بوده، فرض می شود که هر باند نماینده هایی از مکان های ژنی مستقل دو اللی می باشد.

سیستم مارکر اسکات شبیه مارکرهای  ISSR و  RAPD می باشد زیرا آغازگر واحدی به عنوان آغازگر رو به جلو و معکوس استفاده می شود. در سیستم مارکری اسکات با وجود اینکه تعداد زیادی باند چد شکل به ازای هر آغازگر ایجاد می شود  اما با توجه به تکثیر تصادفی از ژنوم، این باندهایی که بسیار چند شکل هستند فاقد اطلاعات مرتبط با صفات بیولوژیکی گونه ها از جمله رنگ گل ها می باشند.

.

مزایای نشانگر مولکولی SCot

سیستم نشانگر مولکولی SCoT دارای ترکیبی از مزایای RAPD و ISSR می باشد. سادگی، مقرون به صرفه بودن و  تکرارپذیری بالا از مهمترین مزیت های این نشانگر مولکولی است. درسال های اخیر چندین سیستم مارکری جدید مبتنی بر ژن نیز توسعه یافته است که مارکر مولکولی  SCoT از جمله این نشانگرها است.